Weidevogels en zwaluwen
De meeste boeren in de Boterhuispolder houden rekening met de bijzondere flora en fauna in het gebied, bijvoorbeeld door aan nestbescherming te doen en het maaibeleid aan te passen op het weidevogelbeheer.
In het gebied komen veel grutto’s voor, die in de lente vanuit Afrika deze kant op komen om te broeden. Zij vinden hun voedsel in de zachte, relatief natte weilanden. Net als de kieviten verdwijnen zij weer zodra de jongen goed genoeg kunnen vliegen. Daarna komen de kieviten uit noordelijke streken naar de polder, om hier te overwinteren. Zij vinden dan het gezelschap van veel andere trekvogels uit Noord-Europa, zoals allerlei soorten ganzen, eenden en smienten.
Naast bovenstaande vogels zijn er ook witte reigers, visdieven en zelfs goudplevieren en zomertaling in de polder aangetroffen. Rondom boerderij Zijleinde duikelen grote groepen huiszwaluwen als acrobaten door de lucht. Verschillende paartjes van de boerenzwaluw broeden in de stallen en schuren. In 2015 werden er maar liefst 21 nesten geteld.
Flora en fauna
In de natte weidegrond met de talloze sloten schuilen veel amfibieën: kikkers, padden en watersalamanders. Wezels, hermelijnen, bunzings en allerlei soorten muizen maken het gebied onveilig. Boven de sloten cirkelen allerlei soorten libellen. Tot de flora van de Boterhuispolder behoren de wonderschone zwanebloemen, koekoeksbloemen, ratelaar en zelfs krabbescheer.
Pestbosjes
In de Boterhuispolder zijn enkele kleine bosjes. Men zegt dat er vroeger koeien met besmettelijke ziekten werden begraven (miltvuur, veetyfus). Zeker is in ieder geval dat ze een belangrijke functie voor de boeren hebben vervuld. Hakhout voor het fornuis en de kachel, hout voor beschoeiingen en afzettingen, maar vooral als windbreker. Toen de boeren de koeien nog in de open lucht molken was de beschutting achter een bosje bij wind en regen belangrijk.